L'atrium du bunker est la pièce centrale, un très grand hall aux murs métalliques, c'est aussi la première dans laquelle on arrive lorsqu'on rejoint le QG. Elle sert de hall, de salle commune et de mess hall tout à la fois. Magneto n'est pas un barbare ni une machine sans cœur, on trouve des meubles ordinaires, des bibliothèques pleines à craquer et même une télévision pour passer le temps.

Parce que la structure du QG est entièrement faite de métal, Magneto a pu aménager des quartiers individuels destinés à chacun de ses camarades mutants, personne n'est entassé dans des dortoirs trop serrés, tout le monde à sa propre chambre, même si elles sont relativement basiques.

Grande pièce circulaire qui est aussi large que l'atrium, la salle d'entraînement est divisée en plusieurs parties, il y a un stand de tir, des zones destinées au combat rapproché et une partie qui s'apparente à une salle de gym, évidemment avec des douches, les membres de la Confrérie ne sont pas des bêtes.

Magneto est quelqu'un qui prend rarement le temps de faire prisonnier quelqu'un, mais il arrive parfois que ce soit nécessaire, c'est pour cette raison qu'il a battit des cellules dans les profondeurs de son bunker, mais peu de personnes sont au courant de l'existence de celles-ci, même au sein de la Confrérie.