Uniquement accessible par l'ascenseur secret, le sous-sol du manoir a été complètement réaménagé et rénové pour servir de base secrète d'entraînement pour les X-Men de Charles. Les couloirs sont beaucoup plus sophistiquées et les pièces beaucoup moins faciles d'accès que le reste du manoir.

Lorsqu'on entre, on peut directement apercevoir le grand salon, et les couloirs qui mènent à la grande cuisine, quelques pas vers la droite et on trouvera rapidement l'accès aux salles de classe. Les grands escaliers qui mènent aux étages supérieures font face à la porte d'entrée et juste à côté de ceux-ci on peut trouver un ascenseur dissimulé derrière un panneau coulissant qui se fond dans son environnement, invisible pour ceux qui ne savent pas qu'il est là.

Le premier étage du manoir est destiné aux femmes et aux jeunes filles de l'institut, on y trouve principalement leurs chambres et leurs salles de bains personnelles, mais aussi la salle des professeurs dans laquelle les adultes peuvent se réunir et se détendre loin des plus jeunes.

Le deuxième étage est principalement destiné aux garçons, même si les salles d'études sont souvent parcourues par n'importe qui ; mais les chambres des professeurs et des élèves masculins sont éparpillées un peu partout dans cet étage.

Le troisième étage est le moins fréquenté. Mais il reste toujours accessible à n'importe qui, sans restriction. On n'y trouve que de grandes salles de classes qui permettent d'accueillir les surplus d'élèves lorsque les classes sont surchargées, mais c'est à peu près tout.

Le manoir, lui-même est déjà grand, mais le reste de la propriété qui appartient elle aussi à Charles Xavier est tout aussi immense, même plus.